台吉也抓住这个机会，以共同对抗顺军扩张为由，强化了卫拉特联盟之间的关系，而准噶尔部和留在天山一带的和硕特残部，为了争夺卫拉特联盟的最高领导权，其斗争也达到了白热化程度。

　　最终准噶尔部与和硕特残部兵刃相见，大战一场后，和硕特残部被完全击败，准噶尔部顺利实现了对西蒙古诸部的统一整合，实力大为上升。

　　然而一部分被僧格台吉击败的和硕特余部，经由叶尔羌汗国占领的哈密地区，逃奔嘉峪关投奔顺朝。

　　其时征虏大将军郭君镇已经因病回京，时任西北经略使的周祚鼎即决定收纳这些和硕特部败兵，于是命制将军马科、赵自牢领兵出嘉峪关迎接和硕特部败兵。

　　结果顺军刚出嘉峪关，进入哈密地界不久，即遭到叶尔羌汗国兵马的袭击。此前和硕特败兵穿过塔里木盆地东奔时，已经和叶尔羌汗国发生了许多冲突。

　　现在叶尔羌汗国准备兴兵击灭这些和硕特部残兵，竟然连同顺朝军队一起攻击。

　　马科、赵自牢随即奋兵反击，昼夜苦战，由于不熟悉西域的地理环境，顺军损失很大，沿途因饥饿干渴而死的人，竟然有上千人之多，付出很大代价才顺利带着和硕特余众撤入关内。

　　哈密之败，再次引爆顺朝朝堂之上的舆论争议。

　　许多大臣都认为西域得失，于中原无关，不应该白白耗费这样多的力量去同准噶尔部、和硕特部争夺西域，还上书称哈密之败是因为天心厌战，是上天在警示大顺不能再继续穷兵黩武下去了。

　　但也有不少关心陕西安危的元勋功臣，他们都认为哈密的得失关系着西北的安定，西北的安定则关系着这些元勋功臣们家乡桑梓的安全。

　　勋臣们的政治能量可比那些科道言官强大太懂了，李来亨得到众多陕西籍的勋臣背书支持，底气十足，立即便诏令以刘芳亮为征虏大将军，代替因为伤兵回京的郭君镇出镇甘肃，开始部署收复哈密的作战。

　　叶尔羌汗国此时已经陷入严重的教派斗争，早在阿布都克里木汗时期，天方回教的“和卓”一派即开始进入叶尔羌汗国。

　　阿布都克里木汗之子马黑麻汗继位以后，黑山派和卓受到汗王的大力支持，这一教派在叶尔羌汗国内迅速发展。稍后，白山派也进入该国，要求分享黑山派的权力。两派之间的矛盾越来越尖锐，甚至发生血腥厮杀。

　　后来黑山派拥立伊思玛业勒为叶尔羌汗。伊思玛业勒汗镇压白山派，白山派首领阿帕克和卓经克什米尔逃往西藏，达赖随即将阿帕克和卓献于顺朝。

　　征虏大将军刘芳亮得此奇货可居以后，便命令制将军赵自牢、康大眼率军护卫阿帕克和卓进军叶尔羌汗国，而准噶尔方面，也趁着叶尔羌汗国集中兵力对抗顺军西征的机会，大举攻伐，夺取了全部的伊犁河谷一带。

　　由于顺军以护卫阿帕克和卓建政为口号，叶尔羌汗国内部不少信奉白山派的教徒纷纷起兵响应，汗王大军兵败如山倒，数月以后即遭到赵自牢俘虏，献俘宫阙于东京。

　　叶尔羌灭亡以后，西域出现了大面积的权力真空情况，准噶尔部趁机四面扩张，同暂时驻留在哈密附近的顺军接连发生冲突。

　　本就有意彻底击灭准噶尔部，完全收取西域的李来亨，随即便授意刘芳亮伐准全权，展开了一场规模浩大的新战事。

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