教本教的某些内容，受到了人们普遍的信奉，并逐渐形成为一种教派遍布各地的地方宗教，即所谓的藏传佛教。

　　藏传佛教的传播和展，渗透到藏族人民生活的各个领域，寺院上层人物往往和当地豪族紧密结合，产生了新兴地方势力统治下的政教合一制度。

　　元朝把藏族地区的分裂局面统一在中央王朝的统治之下。中央设置宣政院（初名总制院），管理全国佛教事务及藏族地区军政事务，以西藏萨迦教派第五世祖师八思巴为帝师并兼宣政院事。在藏族各聚居区分设三个宣慰使司都元帅府，分别管辖西北、西南各省藏族地区和西藏地区，并在乌思藏（指阿里以东的前、后藏地区）设置了十三万户府，派员前往清查户口，建立驿站，厘定赋税。由中央颁封地文书肯定各地封建领主对所属庄园的占有，封赐印信诰命以确立各级官吏的职权，史称元朝“郡县土番之地”，这是中央正式在西藏官建制的开始。明、清两代对藏族地区的施政，就是在元朝旧制的基础上展起来的。

　　明朝对西北、西南藏族地区，基本承袭元朝统治管理的办法，对西藏地区退行“多封众建”政策，先后分封三大*法王和五大地方之王。同时，通过朝贡和回赐，互通有无，体现西藏与中央政治上的隶属关系。

　　明代中叶之后，明廷对藏区的控制日益削弱。明季，四世班禅邀请蒙古卫特拉部迁入青海，和硕特部领固始汗随后占领喀木（康区）、卫（前藏）、臧（后藏）并攻陷拉萨赶走了信奉噶玛噶举派的藏巴汗，使得黄教最终确立了在蒙藏的最高宗教地位。

　　清廷入主中原之后，因为鞭长莫及一时也无力顾及遥远的青藏康卫，因此只能采用羁绊政策，通过册封达*赖及承认和硕特汗王的权威才保持对高原地区的宗主权。然而随着准格尔帝国的兴盛，卫藏两地又落到了策妄阿拉布坦的手中。

　　然而极盛的准格尔帝国也再无力量进一步染指康区，这样就在卫藏与中原王朝控制的四川、云南之间形成了若干缓冲区，由当地的土司和寺院行使统治权力，成为名义上服从拉萨但实际上独立的地方性小政权。

　　对于这些土司，正与郑藩对峙下的清廷四川当局并无力掌握，但夺回了整个四川的华夏朝却并不愿意放弃对其的控制。武成二年九月十四日，也就是华夏朝正式设立西川行省之后的第二天，武昌行在即下令在成都设立总理蕃洋事务衙门西川分局，派遣蕃务大使。

　　武成二年十二月初，华夏朝又在明代松潘卫及清军松潘镇的基础上设立松潘宣慰安抚司，又在明代杂谷安抚司的基础上设立理番宣慰安抚司（理县），并以成都府通判各一人兼任兼任两地宣慰安抚使，对梭磨、卓克基、

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